4月30日，為方便納稅人辦理留抵退稅業務，國家稅務總局發布《國家稅務總局關于辦理增值稅期末留抵稅額退稅有關事項的公告》（國家稅務總局公告2019年第20號，以下簡稱20號公告），自2019年5月1日起施行。該文件在《關于深化增值稅改革有關政策的公告》（財政部 稅務總局 海關總署公告2019年第39號，以下簡稱39號公告）的基礎上明確了有關留抵退稅事項，此次新明確的事項有：

　　一、申請時間細化

　　39號公告規定了納稅人應在增值稅納稅申報期內，向主管稅務機關申請退還留抵稅額。

　　20號公告進一步明確：

　　納稅人申請辦理留抵退稅，應于符合留抵退稅條件的次月起，在增值稅納稅申報期（以下稱申報期）內，完成本期增值稅納稅申報后，通過電子稅務局或辦稅服務廳提交《退（抵）稅申請表》。即從符合留抵退稅條件的次月起，并非必須在次月納稅申報期內完成。

　　案例1：某增值稅一般納稅人，2019年4月至9月連續6個月符合退稅條件，可以是在10月申報期完成9月納稅申報后，也可以在11月或以后月份的申報期完成本期增值稅納稅申報后，通過電子稅務局或辦稅服務廳提交《退（抵）稅申請表》。

　　二、與免抵退稅的銜接

　　39號公告規定，納稅人出口貨物勞務、發生跨境應稅行為，適用免抵退稅辦法的，辦理免抵退稅后，仍符合規定條件的，可以申請退還留抵稅額；適用免退稅辦法的，相關進項稅額不得用于退還留抵稅額。即兩者辦理的先后順序是先免抵退稅后留抵退稅。

　　20號公告進一步明確了：

　　1.納稅人出口貨物勞務、發生跨境應稅行為，適用免抵退稅辦法的，可以在同一申報期內，既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅。

　　2.申請辦理留抵退稅的納稅人，出口貨物勞務、跨境應稅行為適用免抵退稅辦法的，應當按期申報免抵退稅。當期可申報免抵退稅的出口銷售額為零的，應辦理免抵退稅零申報。

　　3.納稅人既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅的，稅務機關應先辦理免抵退稅。辦理免抵退稅后，納稅人仍符合留抵退稅條件的，再辦理留抵退稅。

　　4.納稅人在同一申報期既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅的，或者在納稅人申請辦理留抵退稅時存在尚未經稅務機關核準的免抵退稅應退稅額的，應待稅務機關核準免抵退稅應退稅額后，按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，扣減稅務機關核準的免抵退稅應退稅額后的余額確定允許退還的增量留抵稅額。

　　稅務機關核準的免抵退稅應退稅額,是指稅務機關當期已核準，但納稅人尚未在《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》第15欄“免、抵、退應退稅額”中填報的免抵退稅應退稅額。

　　案例2：某生產型出口企業適用增值稅免抵退稅辦法，征稅率13%，出口退稅率為13%，2019年9月單證、信息齊全的出口貨物銷售額120萬元，內銷貨物不含稅銷售額為80萬元，國內購進一批原材料，增值稅專用發票上注明的價款為1000萬元，增值稅額為130萬元，上期留抵稅額為0。假設該企業3月期末留抵稅額為0，4-9月符合留抵退稅條件，進項構成比例為90%，2019年10月15日申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅，于2019年11月5日，免抵退稅應退稅額經稅務機關核準，2019年10月的期末留抵稅額為130萬元。

　　解析：2019年9月所屬期免抵退稅額=120×13%=15.6（萬元）

　　2019年9月應納增值稅額=80×13%-130=10.4-130=-119.6萬元

　　當期應退稅額15.6萬元

　　9月期末留抵稅額為119.6萬元。

　　計算允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構成比例×60%=119.6×90%×60%=64.58萬元。

　　2019年11月5日，稅務機關核準免抵退稅應退稅額15.6萬元，自免抵退稅應退稅額核準之日起10日內，假設11月12日稅務機關完成留抵退稅審核，應按最近一期即10月《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額130萬元，扣減稅務機關核準的免抵退稅應退稅額15.6后的余額114.4萬元確定允許退還的增量留抵稅額為64.58萬元。

　　5.在納稅人辦理增值稅納稅申報和免抵退稅申報后、稅務機關核準其免抵退稅應退稅額前，核準其前期留抵退稅的，以最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，扣減稅務機關核準的留抵退稅額后的余額，計算當期免抵退稅應退稅額和免抵稅額。

　　稅務機關核準的留抵退稅額,是指稅務機關當期已核準，但納稅人尚未在《增值稅納稅申報表附列資料（二）（本期進項稅額明細）》第22欄“上期留抵稅額退稅”填報的留抵退稅額。

　　案例3：某企業2019年4-9月符合留抵退稅相關條件，9月所屬期可申報免抵退稅的出口銷售額為零，已按規定辦理了免抵退稅零申報。2019年11月4日通過電子稅務局或辦稅服務廳提交《退（抵）稅申請表》如下圖。

　　同時，該企業于2019年11月8日辦理了10月的納稅申報和免抵退稅申報，10月留抵稅額為70萬元。

　　稅務機關于2019年11月10日完成留抵退稅審核，并向其出具準予留抵退稅的《稅務事項通知書》準予退還9月的增量留抵稅額36萬元。

　　此時企業尚未在《增值稅納稅申報表附列資料（二）（本期進項稅額明細）》第22欄“上期留抵稅額退稅”填報的留抵退稅額36萬元，應以最近一期2019年10月《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額70萬，扣減稅務機關核準的留抵退稅額后36萬的余額34萬元，計算當期免抵退稅應退稅額和免抵稅額。

　　三、新明確稅務機關審核確認

　　20號公告明確，稅務機關按照“窗口受理、內部流轉、限時辦結、窗口出件”的原則辦理留抵退稅。稅務機關對納稅人是否符合留抵退稅條件、當期允許退還的增量留抵稅額等進行審核確認，并將審核結果告知納稅人。分以下幾種情形：

　?。ㄒ唬┒悇諜C關在辦理留抵退稅期間，發現符合留抵退稅條件的納稅人存在以下情形，暫停為其辦理留抵退稅(以下簡稱暫停辦理留抵退稅情形）

　　1.存在增值稅涉稅風險疑點的；

　　2.被稅務稽查立案且未結案的；

　　3.增值稅申報比對異常未處理的；

　　4.取得增值稅異?？鄱悜{證未處理的；

　　5.國家稅務總局規定的其他情形。

　　如上述增值稅涉稅風險疑點等情形已排除，且相關事項處理完畢后，按以下規定辦理：

　　1.納稅人仍符合留抵退稅條件的，稅務機關繼續為其辦理留抵退稅，并自增值稅涉稅風險疑點等情形排除且相關事項處理完畢之日起5個工作日內完成審核，向納稅人出具準予留抵退稅的《稅務事項通知書》。

　　2.納稅人不再符合留抵退稅條件的，不予留抵退稅。稅務機關應自增值稅涉稅風險疑點等情形排除且相關事項處理完畢之日起5個工作日內完成審核，向納稅人出具不予留抵退稅的《稅務事項通知書》。

　　稅務機關對發現的增值稅涉稅風險疑點進行排查的具體處理時間，由各?。ㄗ灾螀^、直轄市和計劃單列市）稅務局確定。

　　3.稅務機關對增值稅涉稅風險疑點進行排查時，發現納稅人涉嫌騙取出口退稅、虛開增值稅專用發票等增值稅重大稅收違法行為的，終止為其辦理留抵退稅，并自作出終止辦理留抵退稅決定之日起5個工作日內，向納稅人出具終止辦理留抵退稅的《稅務事項通知書》。

　　稅務機關對納稅人涉嫌增值稅重大稅收違法行為核查處理完畢后，納稅人仍符合留抵退稅條件的，可按照本公告的規定重新申請辦理留抵退稅。

　?。ǘ┘{稅人符合留抵退稅條件且不存在暫停辦理留抵退稅情形的，稅務機關應自受理留抵退稅申請之日起10個工作日內完成審核，并向納稅人出具準予留抵退稅的《稅務事項通知書》。納稅人既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅的，上述10個工作日，自免抵退稅應退稅額核準之日起計算。

　　(三）納稅人不符合留抵退稅條件的，不予留抵退稅。稅務機關應自受理留抵退稅申請之日起10個工作日內完成審核，并向納稅人出具不予留抵退稅的《稅務事項通知書》。

　　四、增量留抵稅額的確認

　　39號公告規定，增量留抵稅額，是指與2019年3月底相比新增加的期末留抵稅額。納稅人當期允許退還的增量留抵稅額，按照以下公式計算：

　　允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構成比例×60%

　　進項構成比例，為2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期內已抵扣的增值稅專用發票（含稅控機動車銷售統一發票）、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額占同期全部已抵扣進項稅額的比重。

　　20號公告進一步明確了，納稅人在辦理留抵退稅期間發生下列情形的，按照以下規定確定允許退還的增量留抵稅額：

　?。ㄒ唬┮蚣{稅申報、稽查查補和評估調整等原因，造成期末留抵稅額發生變化的，按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額確定允許退還的增量留抵稅額。

　　案例4：某增值稅一般納稅人符合留抵退稅條件。2019年3月期末留抵為10萬元，2019年9月期末留抵稅額68萬元，進項構成比例為90%。分以下幾種情形：

　　1.假設該企業2019月10月申報期申請退還留抵稅額：

　　該企業允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構成比例×60%=58×90%×60%=31.32萬元。

　　2.假設該企業2019月11月申報期申請退還10月的留抵稅額：

　　2019年10月，銷項稅額56萬，進項稅額10萬，上期留抵稅額68萬，期末留抵稅額為22萬元。

　　則該企業屬于因納稅申報造成期末留抵稅額發生變化的，按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額確定允許退還的增量留抵稅額為22萬元。

　　企業取得退還的留抵稅額后，應相應調減當期留抵稅額，2019年10月的期末留抵由22萬元變為0。

　　借：銀行存款  220000

　　貸：應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）  220000

　?。ǘ┘{稅人在同一申報期既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅的，或者在納稅人申請辦理留抵退稅時存在尚未經稅務機關核準的免抵退稅應退稅額的，應待稅務機關核準免抵退稅應退稅額后，按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，扣減稅務機關核準的免抵退稅應退稅額后的余額確定允許退還的增量留抵稅額。

　　稅務機關核準的免抵退稅應退稅額,是指稅務機關當期已核準，但納稅人尚未在《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》第15欄“免、抵、退應退稅額”中填報的免抵退稅應退稅額。

　　舉例見案例2

　?。ㄈ┘{稅人既有增值稅欠稅，又有期末留抵稅額的，按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，抵減增值稅欠稅后的余額確定允許退還的增量留抵稅額。

　　案例5：某增值稅一般納稅人符合留抵退稅條件。2019年3月期末留抵為10萬元，2019年9月期末留抵稅額68萬元，進項構成比例為90%。該企業2019月10月申報期申請退還留抵稅額：

　　計算允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構成比例×60%=58×90%×60%=31.32萬元。

　　假設經稅務稽查，該企業2018年5月應補繳增值稅50萬元，企業因資金困難形成欠稅。

　　企業應按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，抵減增值稅欠稅后的余額確定允許退還的增量留抵稅額，即允許退還的增量留抵稅額=2019年9月的期末留抵稅額68萬-欠稅50萬=18萬元。

　　五、后續事項

　　39號公告規定，納稅人取得退還的留抵稅額后，應相應調減當期留抵稅額。按照本條規定再次滿足退稅條件的，可以繼續向主管稅務機關申請退還留抵稅額，但規定的連續期間，不得重復計算。以虛增進項、虛假申報或其他欺騙手段，騙取留抵退稅款的，由稅務機關追繳其騙取的退稅款，并按照《中華人民共和國稅收征收管理法》等有關規定處理。

　　20號公告進一步明確，納稅人應在收到稅務機關準予留抵退稅的《稅務事項通知書》當期，以稅務機關核準的允許退還的增量留抵稅額沖減期末留抵稅額，并在辦理增值稅納稅申報時，相應填寫《增值稅納稅申報表附列資料（二）（本期進項稅額明細）》第22欄“上期留抵稅額退稅”。