一、判斷條件不同

（一）異常憑證按稅務總局公告2016年第76號規定

依序判斷：1. 先確認開票方為走逃（失聯）企業；2. 再確定違規情形；3. 違規情形對應屬期開具的增值稅專票列入異常憑證范圍。

（二）善意取得虛開專票按國稅發[2000]187號規定

四個并列條件，缺一不可：1. 真實交易2. 銷方本省專票3. 票實相符4.無證據表明購方知道銷方專票是非法獲得。

否則，即為非善意取得：如條件1為假，則按國稅發[1997]134號第一條處理；如條件2不符，則按國稅發[1997]134號第二條、國稅發[2000]182號第二條處理；如條件3不符，則按國稅發[2000]182號第一條處理；如條件4有假，則按國稅發[1997]134號第一條、國稅發[2000]182號第三條處理。

二、該份專票處理不同

列入異常憑證的這份專票，其本身可能仍會獲得抵扣。所以，即使列入了異常憑證，仍要及時勾選認證；而善意取得的這份專票本身已不得作為合法有效的抵扣憑證。

三、其他不同見下表

四、異常憑證可能會轉化為善意取得虛開專票

如果稅務機關查實走逃（失聯）企業屬于虛開發票，購買方取得的異常憑證，就要按國稅發[1997]134號、國稅發[2000]182號、國稅發[2000]187號來判定為善意取得或非善意取得。

五、均不加收滯納金

國家稅務總局公告2016年第76號規定，增值稅一般納稅人取得異常憑證，尚未申報抵扣或申報出口退稅的，暫不允許抵扣或辦理退稅；已經申報抵扣的，一律先作進項稅額轉出。按76號文件理解，只需在接到稅務機關通知的當月作不抵扣或進項轉出處理，未規定加收滯納金。

國稅函[2007]1240號規定，納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票被依法追繳已抵扣稅款的，不屬于稅收征收管理法第三十二條“納稅人未按照規定期限繳納稅款”的情形，不適用該條“稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金”的規定。

六、企業所得稅稅前扣除處理

異常憑證能作為稅前扣除憑證。異常憑證是尚未定性的票據，是否違規有待核查。對于增值稅來說，僅不符合增值稅“以票控稅”的形式要件而暫時不得抵扣，且異常憑證本身能否繼續作為增值稅抵扣憑證，也是待定。

對于企業所得稅來說，只要異常憑證尚未被定性為違規，仍是合法有效的票據。因為按征管法、發票管理辦法及企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法來理解，只是不符合規定的發票，形式、來源確定為違規的，才不是合法有效的。只有在稅務機關證明異常憑證為虛開后，才不能作為稅前扣除憑證。

但是，異常憑證所記載的購進業務能否稅前扣除，取決于該筆業務是否真實，是否為企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出。異常憑證不能決定該筆購進業務能否稅前扣除。

善意取得虛開的專票不能作為稅前扣除憑證。因為虛開的專票不是合法有效憑證。征管法第十九條規定，納稅人、扣繳義務人按照有關法律、行政法規和國務院財政、稅務主管部門的規定設置賬簿，根據合法、有效憑證記賬，進行核算。發票管理辦法規定，不符合規定的發票，不得作為財務報銷憑證。國家稅務總局公告2018年第28號規定，稅前扣除憑證在管理中遵循真實性、合法性、關聯性原則。合法性是指稅前扣除憑證的形式、來源符合國家法律、法規等相關規定。

但是，善意取得虛開的專票所記載的購進業務能否稅前扣除，取決于該筆業務是否真實，是否為企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出。善意取得虛開的專票不能決定該筆購進業務能否稅前扣除。

實務中，稅務機關對企業所得稅的稅前扣除仍有“以票控稅”的慣性思維，沒有合規發票這一形式要件就不得稅前扣除。但在司法判例中，發票不是證實該筆支出是否實際發生、是否與取得收入有關合理的唯一要件，唯票扣除的敗訴案例較多。